A Igreja Metodista é composta e administrada pelos seguintes órgãos:

Concílio Geral

O Concílio Geral é o órgão superior da Igreja, conforme o Art. 68 dos nossos Cânones. Dele participam:

- Representantes dos órgãos e instituições em nível geral (sem direito a voto);

- Delegados presbíteros das regiões eclesiásticas e missionárias;

- Delegados leigos das regiões eclesiásticas e missionárias;

- Um presbítero e um delegado leigo para cada campo missionário nacional e geral.

O Concílio Geral tem como responsabilidade:

- Elaborar as leis da Igreja;

- Tomar decisões sobre o governo e administração da Igreja;

- Eleger os bispos e/ou as episcopisas;

- Eleger os membros leigos(as) para comporem a Coordenação Geral de Ação Missionária (COGEAM).

Reúne-se a cada 5 anos ou extraordinariamente se necessário.

Cogeam- Coordenação Geral de Ação Missionária

A Coordenação Geral de Ação Missionária (COGEAM) é o órgão de administração superior da Igreja. Essa administração é expressa nos trabalhos de coordenação e execução do Plano para Vida e Missão e das atividades da Igreja na Área Geral (Cânones - art. 106) São integrantes da COGEAM: os três bispos que integram a Mesa do Colégio Episcopal e sete membros leigos, representando cada Região Eclesiástica e quatro presbíteros.

Os representantes leigos, eleitos para a COGEAM compõem também o Conselho Diretor da Associação da Igreja Metodista (AIM).

É responsabilidade da COGEAM:
- Elaborar o anteprojeto do Plano Nacional - ênfases e Diretrizes, em conjunto com o Colégio Episcopal;
- Aprovar o Programa Nacional de Atividades;
- Administrar a Igreja Metodista no período de um Concílio Geral ao outro Concílio Geral.

Colégio Episcopal

O Colégio Episcopal é o órgão responsável pela supervisão da ação missionária e pastoral da Igreja Metodista (Arts. 86 e 88 dos Cânones).

Ele é formado por bispos e/ou episcopisas eleitos pelo Concílio Geral, bem como dos bispos e/ou episcopisas eméritos e honorários. Os bispos e/ou episcopisas eméritos e honorários não tem direito a voto.

Os bispos e/ou episcopisas são presbíteros ativos eleitos para as funções de zelar pela unidade doutrinária da Igreja, supervisionar as atividades pastorais, ministeriais e administrativas, e demais funções estabelecidas nos Cânones (Art. 96). A eleição para bispos e/ou episcopisas é realizada no Concílio Geral, sem debate e por maioria absoluta (Art. 95).

- Ministérios, Departamentos e Pastorais

- Secretarias Executivas

- Confederações das Federações de Juvenis, Jovens, Mulheres e Homens.